« Je sais seulement que c’est une société dont tout le monde me dit qu’elle fait beaucoup de mal à mon pays. » (Philippe Pétain)
L’affaire des fiches concerne une opération de fichage politique et religieux dans l’armée française de 1900 à 1904. Elle fut réalisée par des loges maçonniques du Grand Orient de France à l’initiative du général Louis André, ministre de la Guerre en instaurant un système de hiérarchie parallèle. Il fait ainsi établir pour chaque officier une fiche de renseignements politiques et confessionnels indépendante des notes attribuées par les supérieurs hiérarchiques.
Afin de républicaniser l’armée, le cabinet du ministre met à contribution toutes les « associations républicaines, de la franc-maçonnerie comme des autres » pour connaître les opinions politiques des officiers. L’objectif était clairement de favoriser la promotion des officiers attachés au régime et réciproquement de bloquer la promotion des officiers catholiques monarchistes. Pour ce faire, le ministère va d’abord faire appel aux préfets, à la Sûreté générale, voire à certains procureurs de la République pour obtenir des renseignements. Mais, très vite le recours au Grand Orient de France, qui dispose de loges dans toutes les villes de garnison, accélère la mise en fiche.
« Le 28 octobre 1904, à la Chambre, un député de droite, Jean Guyot de Villeneuve, prend longuement la parole. Tenant en main une liasse de documents, il révèle leur contenu : une correspondance entre le capitaine Mollin, membre du cabinet du ministre de la Guerre, le général André, et Narcisse Vadecart, le secrétaire général du Grand Orient. L’objet de ces lettres concerne l’avancement des militaires. Guyot de Villeneuve donne lecture de quelques fiches nominatives où sont consignées des informations sur les idées politiques des officiers, et sur leur attitude religieuse. Chaque fiche porte une recommandation sur la suite de leur carrière : à promouvoir, à barrer. Commence ce jour-là un des plus profonds scandales de la IIIe République, qui va coûter sa place à Émile Combes. Bien que les manuels d’histoire s’appesantissent rarement sur le sujet, les faits sont aujourd’hui connus. » (Jean Sévilla)
Pour Léon Daudet, ce fichage des officiers explique les premiers succès de l’offensive allemande en 1914 par l’incompétence de généraux promus en son temps par le général André selon des critères politiques. Pour contrecarrer les effets désastreux de ces nominations politiques, un tiers des officiers vont être limogés par le général Joffre entre août et décembre 1914. Allant dans ce sens, le futur maréchal Fayolle, confirme la nécessité des limogeages des généraux intervenus en 1914, dans ses Cahiers secrets de la Grande Guerre en raison de leur incompétence…
L’affaire des fiches marqua durablement les esprits car elle est le premier scandale permettant de faire surgir au grand jour « qu’une secte, bafouant les sentiments les plus nobles, poursuit, sous couvert de patriotisme, son œuvre de trahison et de révolte. ». (Philippe Pétain)