Ante Pavelić devient le dirigeant du Nezavisna Država Hrvatska ou NDH (État indépendant de Croatie) créé le 10 avril 1941, suite au démantèlement de la Yougoslavie par les forces de l’Axe.
Ce nouvel état est allié de l’Allemagne et de l’Italie, dont il s’inspire pour ses institutions.
La Croatie envoie quelques milliers d’hommes sur le front de l’Est. Et l’armée du NDH combat également, avec les forces de l’Axe, contre les partisans judéo-bolcheviques de Tito et les Tchetniks (royalistes).
En mai 1945, Pavelić se réfugie en Autriche, puis à Rome, avant de s’installer en Argentine où il reçoit la protection de Juan Perón.
Découvert en 1957, Pavelić est blessé lors de deux tentatives d’assassinat commanditées par les services secrets yougoslaves. Il s’exile afin d’éviter l’extradition d’Argentine et se réfugie en Espagne à Madrid, où il meut en 1959, des séquelles de ces attentats.
Le pape Jean XXIII prononce personnellement une bénédiction à son égard.